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유전자 증거물의 오염방지제로서 수화된 +2가 전이금속 착 화합물에 의한 DNA분자의 가수분해반응

Hydrolytic Decomposition of DNA Molecules by Hydrated Divalent Transition Metal Complexes as the Anti-contamination Agent for Genetic Evidences

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유전자 증거물의 오염 방지제로서 용매모델의 첫 번째 용매화 층에 수화된 인공핵산 분해효소(articicial DNase 또는 RNase) 로서 +2 가 전이금속 ( 배위수 ; 4) 착 화합물 ([M(H 2 O) 4 ] 2+ 및 [M(OH) 4 ] 2 − ) 에 의한 DNA 분자의 가수분해 반응성을 전산화학적인 경계분자궤도 (FMO) 이론에 따라 정량적으로 검토되 었다 . DNA 분자 및 금속 착 화합물들의 해리전 후 , 이들 분자 사이의 FMO 에너지 차이 (∆E; INTER) 로부 터 촉매적인 B 형의 가수분해반응이 예측되었다 . 착 화합물 분자 내 MO 에너지 차이 (∆E; INTRA=LUMO- HOMO) 와 용매화 수 (n) 사이의 양호한 상관성 (R>0.900) 관계로부터 , 물 분자 리간드 금속 착 화합물([M(H 2 O) 4 ] 2+ ) 보다 hydroxo 리간드 금속 착 화합물 ([M(OH) 4 ] 2 − ) 이 더 높은 반응성을 보였다 . 리간드 효과로 부터 가수분해반응은 두 분자 사이의 음 이온성 반발력보다 입체장애가 최소화되는 방향으로 진행되었다 . 그러므로 금속 착 화합물에 수화된 물 분자가 4 개에서 12 개로 증가함 (4 → 12) 에 따라 B 형 ( 전하조절 ) 반응 에서 A 형 ( 궤도조절 ) 반응으로 변화할 (B → A) 것으로 판단된다 . 특히 , 유전자에 관련된 증거물의 연속성 ((CoC) 원칙 차원에서 수화된 금속 착 화합물과 에탄올 용액의 소수성 (logP) 차이는 무결점성 확보에 유 용하게 사용될 수 있을 것이다 .

Abstract

The hydrolytic reactivity of DNA molecule by hydrated divalent transition metal (coordination number; 4) complexes (articicial DNase or RNase; [M(H 2 O) 4 ] 2+ and [M(OH) 4 ] 2 − ) in 1 st solvation layer of water multilayer solvent model system as the new-concept anti-contamination agent for the genetic evidences that is reviewed quantitatively based on the frontier molecule orbital (FMO) theory in computational chemistry. Hence, the catalytic B type hydrolysis of DNA molecule by the metal complexes were predicted from the FMO energy difference ( Δ E; INTER=LUMO-HOMO) between before and after dissociated (pKa) of the complexes, and DNA molecule. And the reactivity showed that hydroxo ligand complexes ([M(OH) 4 ] 2 − ) was higher than hydrate water ligand complexes ([M(H 2 O) 4 ] 2+ ) from good correlation (R>0.900) between difference (∆E; INTRA=LUMO-HOMO) of MO energy in intra-complexes and solvation number (n). From these ligand effects, the steric hinderance was proceeding in a minimized direction rather than the anionic repullsion force between

참고문헌 (52)

  1. NT Lappas, "Forenisic Toxicology; Principles and Concept", pp.77~94 (2016), Elsevier
  2. NT Lappas, "Forenisic Toxicology; Principles and Concept", pp.183~198 (2016), Elsevier
  3. V Mcdermid, "Forensic; The Anatomy of Crime", pp.116~164 (2015), Profile Book Ltd.
  4. JAM Gall, "Current Practice in Forensic Medicine, Vol 2", pp.1~34 (2016), John Wiley & Sons, Ltd
  5. B Szkuta, "DNA decontamination of fingerprint brushes", Forensic Sci Int, 277, pp.41~50 (2017)
  6. Roland AH van Oorschotab, "DNA transfer in forensic science: A review", Forensic Sci Int’l : Genetics, 38, pp.140~166 (2019)
  7. 안현정, "총 설: 생물학적 증거물 보관·보존 및 관리 방안에 대한 고찰", 과학수사학회지, 13(1), pp.11~24 (2019), 한국과학수사학회
  8. 신강일, "과학수사 증거능력 확보 및 안전을 위한 지문현출제의 개발", 박사, pp.2018
  9. 윤신규, "지문 및 유전자(DNA)관련 법규의 개선방향과 이화학적 대응방안", 박사, pp.2019
  10. DJ Stevens, "Media and Criminal Justice:The CSI Effect", pp.157~196 (2011), Jones and Bartlett Pub
  11. The Control and Advance of Contamination in Laboratory Activities involving DNA Evidence Recoverery and Aanlysis (Issue 1), "Forensic Science Regulator, Guidance", ~, pp.FSR-G-208 (2016)
  12. KN Ballantynem, "DNA contamination minisation-findding an effective cleaning method", Australian J Forensic Sci, 47, pp.428~439 (2015)
  13. Roland AH van Oorschot, "Considerations Relating to the Components of a Laboratory DNA Contamination Minimisation Monitoring (DCMM) Program", Forensic Sci Policy & Management: An Int’l J, 6(3-4), pp.95~105 (2015)
  14. RA Wickenheiser, "Trace DNA: A review, disscussion of theory, and application of the transfer of trace quantities of DNA through skin contact", J Forensic Sci, 38(2), pp.442~450 (2003)
  15. RAH van Oorschot, "Forensic trace DNA: A review", Investig Genet, 1, pp.14~ (2010)
  16. L Ragle, "Crime Scene: From Fingerprints to DNA Testing-Astonishing Inside Look at the Real World of CSI" (2002), Avon Books
  17. 윤신규, "형광단-아미노산 생성물과 그의 전이금속 착 화합물에 의한 잠재지문 현출성 및 DNA분자 보호 가능성", 과학수사학회지, 13(1), pp.1~10 (2019), 한국과학수사학회
  18. 성낙도, "과학수사 증거물에 대한 신규오염방지제의 이화학적 조성물, 특허출원 (2020. 8. 20)", ~ (2020)
  19. 김나진, "인공 핵산분해효소로서 수화된 전이금속 착 화합물에 의한 DNA분자의 가수분해에 대한 전산화학적인 접근", 과학수사학회지, 14(1), pp.1~10 (2020), 한국과학수사학회
  20. 이 본, "과학수사장비용 오염방지제 조성물 중 수화된 +2가 전이금속 착 화합물에 의한 DNA분자의 가수분해반응", 석사, pp.2021
  21. F Mancin, "Progress in Artificial Metallo nucleases", Chem Commun, 48, pp.5545~5559 (2012)
  22. SA Kazakov, "Bioorganic Chemistry: Nucleic Acids", pp.244~287 (1996), Oxford University Press
  23. I Persson, "Hydrated metal ions in aqueous solution; How regular are their structure?", Pure Appl Chem, 82(10), pp.1901~1917 (2010)
  24. "S Schmid" (2014)[URL]
  25. LG Zhuo, "A frontier molecular orbital theory approach to understanding the Mayr equation and to quantifying nucleophilicity and electrophilicity by using HOMO and LUMO energies", Asian J Org Chem, 1, pp.336~345 (2012)
  26. I Fleming, "Frontier Orbitals and Organic Chemical Reactions", pp.35~37 (1976), John Wiley & Sons
  27. M Zhu, "Quantum Chemical Studies of Mononuclear Zinc Species of Hydration and Hydrolysis", J Phys Chem A, 109, pp.7648~7652 (2005)
  28. RG Bergman, "Synthesis and reactions of monomeric late transition metal alkoxo, aryloxo and hydroxo complexes", Polyhedron, 14(22), pp.3227~3237 (1995)
  29. Stefan Grimme, "Semiempirical hybrid density functional with perturbative second-order correlation", The Journal of Chemical Physics, 124(3), pp.034108~ (2006), AIP Publishing[DOI]
  30. SS Batsanov, "Van der Waals Radii of Elements", Inorganic Materials, 37(9), pp.871~885 (2001)
  31. 김효정, "소독제의 종류와 특성", 대한소화기내시경학회지, 40(Suppl 1), pp.50~52 (2010)
  32. b)이응주, "혈흔반응을통한 의료용 핸드피스 및 수술용 장갑의 감염원에관한 기초연구", 한국산학기술학회 논문집, 2, pp.825~827 (2014)
  33. KN Ballantyne, "DNA Contamination minimisation-Finding an effective cleaning method", Australian J Forensic Sci, 47(4), pp.1~12 (2015)
  34. W Grzybkpwski, "Nature and properties of metal cations in aqueous solutions", Polish J of Environ Stud, 15(4), pp.655~663 (2006)
  35. J Anastassopoul, "Metal-DNA interactions", J Molecular Structure, 651-653, pp.19~26 (2003)
  36. G Palermo, "Catalytic Metal Ions and Enzymatic Processing of DNA and RNA", Acc Chem Res, 48(2), pp.220~228 (2015)
  37. VE Jackson, "Prediction of the pKa’s of aqueous metal ion +2complexes", J Phys Chem A, 119(2), pp.2926~2939 (2015)
  38. S Kobayashi, "Correlation between catalytic activity in water and hydrolysis constants and exchange rate constants for substitution of inner-sphere water ligands", J Am Chem Soc, 120, pp.8287~8288 (1988)
  39. 2+Complexes, "Chem Comm", 2009, 4008~4090
  40. A Erxleben, "Mechanistic Studies of Homoand Heterodinuclear Znic Phosphoesterase Mimics:What Has Been Learned?", Front Chem, 7, pp.21~ (2019)
  41. KRS Gowda, "Mechanism of DNA binding and cleavage", Biomed & Biotechnol, 2(1), pp.1~9 (2014)
  42. KS Gates, "An Overview of Chemical Processes That Damage Cellular DNA: Spontaneous Hydrolysis, Alkylation, and Reactions with Radicals", Chem Res Toxicol, 22(11), pp.1747~1760 (2009)
  43. S Santhakumari, "Solvation number and Acoustical Parameters of a Sulfa Drug using Ultrasonic Velocity", Int’l J Recent Sci Res, 4(9), pp.1347~1349 (2013)
  44. FH Westheimer, "Pseudo-rotation in the hydrolysis of phosphate esters", Acc Chem Res, 1(3), pp.70~78 (1968)
  45. NH Williams, "DNA Hydrolysis: Mechanism and Reactivity", pp.3~17 (2018), Springer
  46. JS Seo, "Structure and rectivity of dinuclear cobalt(III)with peroxide and phosphodiester analogues bridging metal ions", J Am Chem Soc, 120, pp.9943~9944 (1996)
  47. J Park, "The structure of human EXD2reveals a chimeric 3' to 5' exonuclease domain that discriminates substrates via metal coordination", Nucleic Acids Research, 47(13), pp.7078~7093 (2019)
  48. Xiaofang Wang, "Characterization of denaturation and renaturation of DNA for DNA hybridization", 환경독성보건학회지, 29, pp.1~8 (2014), 환경독성보건학회
  49. AK Raap, "Denaturation, Renaturation, and Loss of DNA During In Situ Hybridization Procedures", Cytometry, 7, pp.235~242 (1986)
  50. Pedersen-Bjergaard, "Modern sample preparation for chromatography", Anal Bioanal Chem, 409, pp.6521~6522 (2017)
  51. C Hansch, "Substituent Constants for Correlation Analysis in Chemistry and Biology" (1979), John Wiley & Sons

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