Evaluation of two DNA extraction methods on exhumed bone samples:Ultrafiltration versus column affinity
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초록
발굴된 유골에서 DNA 추출은 DNA신원확인과정에서 매우 중요한 단계이지만 유골에 오염된 미 생물 DNA와 사람 DNA가 동시에 추출되는 문제점이 있다. 이를 극복하기 위해 발굴된 10명의 유골 시 료를 페놀-ultrafiltration 후 QIAquick® PCR Purification Kit (ultrafiltration법)와 QIAamp® DNA Mini kit(Column-affinity법)를 적용하여 전체(미생물+사람) DNA정량 및 사람 DNA정량 후 각각 STR마커를 분 석하므로서 DNA 분리 효율성을 확인하였다. 회수된 전체 DNA양은 Column-affinity법(19.6 ng/μL)이 ultrafiltration법(16.0 ng/μL) 보다 1.2배 더 나은 결과를 보였으나 사람 DNA 정량 결과로는 Column-affinity 법(0.034 ng/μL) 보다 ultrafiltration법(0.498 ng/μL)이 14.6배 더 많은 회수율을 나타냈다. 유골에 있던 다 량의 미생물 DNA가 사람 DNA와 섞여있을 경우, 사람 DNA가 실리카 친화성 컬럼에 부착되는 것이 미 생물 DNA의 영향을 받으나, 필터의 경우는 미생물 DNA의 영향을 받지 않아서 ultrafiltration법이 높은 회 수율을 보였다.
Abstract
Extraction of DNA from skeletal material is of great importance in the identification of human remains, but is particularly difficult because the high amount of microbial DNA was often co-extracted with human bone DNA. We found that a phenol/chloroform extraction, followed by ultrafiltration, and cleanup by via the QIAquick® PCR purification kit yields higher amounts of human genomic DNA compared with extraction by the column affinity method® alone. Ultrafiltration extraction of human DNA from ten exhumed bone samples yielded 0.041−1.120 ng/ μL DNA (mean = 0.498 ng/μL DNA), and purification using the column affinity resulted in 0.016–0.064 ng/μL DNA (mean = 0.034 ng/μL DNA). Although the STR genotyping by the column affinity method was partially successful, all DNA samples by the ultrafiltration method produced full profiles from the multiplex PCR. The efficiency of STR genotyping was in accordance with the amounts of the human DNA extracted.
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