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논문KCI 등재

Weissella 속 유산균의 빠른 동정을 위한 16S rDNA PCR-RFLP 분석법의 적용

Application of 16S rDNA PCR-RFLP Analysis for the Rapid Identification of Weissella Species.

이종훈|조경희|이명재
한국미생물·생명공학회 (The Korean Society For Microbiology And Biotechnology)|2010.12|한국미생물·생명공학회지 (Microbiology and Biotechnology Letters)|제38권 제4호|pp. 455-460

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kimchi16S rDNAWeissellaRCR-RFLP
주제분류생물학

초록

16S rDNA 특이적 PCR과 증폭산물의 제한효소 처리 후,나타나는 단편의 크기를 분석하는 PCR-RFLP 분석법을 김치에서 빈번하게 검출되는 Weissella 속 균주 10종의 신속하고 정확한 동정에 적용하였다. Weissella 속 균주 16S rDNA 의 특이적 증폭에는 기존에 보고된 PCR primer를 사용하였지만, annealing 온도는 기존의 조건보다 4oC 높게 설정한65oC에서 PCR을 수행하였다. 증폭산물은 예상크기인 727bp와 일치하였으며, 제한효소 AluI, MseI, BceAI의 처리를통하여 나타난 단편의 크기는 제한효소 절단위치 분석으로부터 추정한 단편의 크기와 일치하였다. W. kandleri, W. koreensis, W. confusa, W. minor, W. viridescens, W. cibaria,W. soli는 제한효소 AluI과 MseI의 사용으로 구분이 가능하였으며, W. hellenica, W. paramesenteroides의 경우, BceAI 을 사용하면 독립적인 구분이 가능하였다. W. thailandensis 의 경우, 본 실험에서 사용한 제한효소 AluI, MseI, BceAI에의해 독립적인 band 양상은 나타나지 않았지만 나머지 9종과의 절단 양상 비교를 통해 구분이 되었으며, 제한효소MspI을 사용하면 신속하게 동정할 수 있다.

Abstract

A polymerase chain reaction (PCR)-restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis was applied to detect and identify ten Weissella spp. frequently found in kimchi. The previously reported genus-specific primers designed from 16S rDNA sequences of Weissella spp. were adopted but PCR was performed at the increased annealing temperature by 4oC. The sizes of amplified PCR products and restricted fragments produced by AluI, MseI, and BceAI endonucleases were well correspond with the expected sizes. W. kandleri, W. koreensis, W. confusa, W. minor, W. viridescens, W. cibaria, and W. soli were distinguished by AluI and MseI and W. hellenica and W. paramesenteroides were identified by BceAI. W. thailandensis was distinguished when restriction pattern of other species was compared but identified by the single use of MspI.

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