국내에서 수집된 국화 품종에 대한 SSR 분자표지 Database 구축
Construction of SSR Marker Database of Chrysanthemum Varieties Collected in Korea
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본 연구는 국내에서 유통되고 있는 국화 147품종을 수집하여 국화 품종의 식별을 위한 SSR 분자표지의 선발 및 이를이용한 품종별 DNA profile 데이터베이스를 구축하기 위해수행하였다. 품종식별에 적합한 분자표지를 선정하기 위해 20 개 품종을 대상으로 총 587개의 SSR 분자표지를 검정하여다형성을 나타내는 27개의 분자표지를 선발하였다. 27개의분자표지 중 다형성, 재현성, 반복성, 대립유전자 패턴 등을종합적으로 고려하여 14개의 SSR 분자표지를 데이터베이스구축에 활용할 마커로 최종 선발하였고 이를 이용하여 국화147품종에 대한 SSR 분자표지 데이터베이스를 구축하였다. 국화 147 품종을 14개의 SSR 분자표지로 분석한 결과 대립유전자 수는 79개, 마커별 대립유전자의 분포는 3 ~ 10개로분포하였고, 분자표지 당 평균 대립 유전자의 수는 5.6개로나타났다. PIC 값은 0.287 ~ 0.785 범위에 분포하였으며, 평균값은 0.598로 분석되었다. 국화 147품종에 대한 덴드로그램을 작성하였을 때 공시품종의 유전적 거리는 0.44 ~ 1.00 범위로 나타났으며, 147품종 중 143품종은 14개 SSR 분자표지에 의해 식별이 되었으나, 돌연변이 육종법 또는 자연변이를 통해 육성된 2품종은 원품종과 구분이 되지 않았다. 본 연구에 의해 구축된 국화 품종별 SSR 분자표지 데이터베이스는 국화 출원품종의 대조품종 선정과 품종보호권 침해 및 종자분쟁 발생시 유용하게 활용될 수 있을 것으로 사료된다.
Abstract
Chrysanthemum (Dendranthema grandiflourm Kitamura) is a member of the Asteraceae and one of the important horticultural crops. The objective of this study was to construct a DNA profile database for identification of chrysanthemum varieties using simple sequence repeat (SSR) markers. In order to select SSR markers for the variety identification, we screened 587 SSR primers using 20 varieties. Among them, 27 SSR markers showed polymorphism. We finally selected 14 SSR markers showing peak clearance, high polymorphism and reproducibility in 20 varieties. In conclusion, DNA profile database for 147 chrysanthemum varieties were constructed by 14 SSR markers. A total of 79 SSR alleles were detected and three to ten alleles were detected with an average of 5.6 alleles per locus. The polymorphism information content value ranged 0.287 ~ 0.785 with an average of 0.598. Genetic relationship revealed that genetic distance of 147 varieties ranged from 0.44 to 1.00. The 143 varieties among 147 varieties were distinguished by 14 SSR markers but the 2 varieties developed by mutation breeding and natural variation were not distinguished from original varieties. These constructed SSR profile database will be useful for the selection of similar varieties for candidate variety and for solving problem relating to seed dispute and infringement of plant breeder’s right.
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