SSR 분자마커를 이용한 색소 및 비색소옥수수 핵심집단의 유전분석
Genetic Analysis of Core Sets of Colored Maize and Non-Colored Maize Inbred Lines using SSR Markers
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초록
본 연구는 12개의 색소 및 비색소옥수수 계통들에 대하여 300개의 SSR마커를 이용하여 유전적 다양성, 계통유연관계 및 집단구조 분석을 실시하였다. 유전적 다양성 분석 결과, 300개의 SSR primer들은 색소 및 비색소옥수수 12계통들에서 총 1,331개의 대립단편을 증폭시켰으며, SSR primer당 대립단편들은 최소 2개에서 최대 10개까지 나타나 평균 4.44개가 증폭되었다. MAF는 0.25에서 0.92의 범위로 나타났고, 평균값은 0.48을 나타내었다. 총 1,331개의 대립단편 중에서 221개의 대립단편들은 색소옥수수 계통들에서 특이적으로 나타났고, 408개의 대립단편은 비색소옥수수 계통들에서 특이적으로 나타났으며, 나머지 702개의 대립단편들은 색소 및 비색소 계통들에서 공통으로 확인되었다. 그리고 총 163개의 SSR 마커에서 색소옥수수 특이적 대립단편이 확인되었다. 집단구조에 대한 분석 결과에서 12개의 색소 및 비색소옥수수 핵심집단 계통들은 groups I, II, III, admixed group으로 구분되었다. 본 연구결과는 옥수수 육종연구에서 색소 및 비색소옥수수 계통들의 식별에 대한 유용한 정보를 제공할 것이다.
Abstract
In this study, genetic diversity, genetic relationship, population structure and association analysis among 12 coloredand non-colored maize lines were investigated using 300 simple sequence repeat (SSR) markers. In genetic diversity analysis,a total of 1,331 alleles were identified at all the loci with an average of 4.44 and a range between 2 and 10 alleles per locus. The major allele frequency varied from 0.25 to 0.92 with an average of 0.48. Among 1,331 alleles, 221 alleles were coloredmaize specific allele, and 408 alleles were non-colored maize specific allele. While 702 alleles were shared in colored andnon-colored maize lines. In addition, colored maize specific alleles were detected in 163 SSR markers. From population structureanalysis, the 12 colored and non-colored maize lines were separated with based on the membership probability threshold 0.8,and divided into groups I, II, III and admixed group. The results of this study could serve as useful molecular markers foridentification and characterization of colored and non-colored maize lines in the maize breeding studies.
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