돼지 6번 염색체 (6q28-6q32)의 BAC clone 염기서열 분석에 의한 microsatellite markers 개발
Development of Microsatellite Markers using by BAC clone Sequencing on Porcine Chromosome 6q28-6q32
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참고문헌
초록
돼지 6번 염색체에서 근내지방 함량과 등지방 두께와 관련된 QTL이 탐색되어진 영역(6q28- 6q32)에서 미세지도 작성을 위한 유용한 marker를 개발하기 위하여 실시하였다. 대량 염기서열 분석 자료를 근거로, 반복염기서열 분석을 수행한 결과 KP0290F2(TTCC), KP0248C11(AAAT), KP1231C91 (TAG), KP1231C92(TTG) 그리고 KP1231C93(GA)의 5 부위에서 다형성을 나타내었다. 이 부위들에 대한 랜드레이스, 재래돼지, 듀록, 요크셔, 버크셔, 오지산돈, 향돈 그리고 민돈의 8품종에 대한 유전자형 분석 결과 평균 대립유전자의 수는 2.13, 4.63, 7.38, 2.75 그리고 6.25로 나타났다. 그리고 8 품종에 대한 KP0290F2, KP0248C11, KP1231C91, KP1231C92 그리고 KP1231C93에 대한 평균 heterozygosity 값을 산출한 결과, 0.2110, 0.6865, 0.8304, 0.4057 그리고 0.7051로 나타났으며, 5 markers에 대한 8 품종의 평균 heterozygosity 값은 0.6313, 0.5662, 0.5814, 0.6957, 0.4517, 0.4847, 0.5758 그리고 0.5559로 나타났다. KP0248C11, KP1231C91 그리고 KP1231C93은 적절한 대립유전자 수를 나타내었고, 또한 hetetozygosity 값이 높게 나타났을 뿐만 아니라, 표준편차도 적게 나타난 점으로 미루어 보아 앞으로 유용한 marker로서 이용이 가능할 것이라 사료된다. 본 연구의 결과 개발된 marker는 SW71(98.6 cM)과 SW1881(121.1 cM) 영역내에 존재하는 유용한 유전자를 발굴하기 위한 미세지도 작성에 유용하게 활용될 수 있는 marker로 판단되며, positional cloning에도 이용 할 수 있을 것이라 사료된다. 또한 돼지 게놈 연구가 완성되어 염기배열이 밝혀지기 전에 이용 가능한 표지인자들을 다량으로 확보 할 수 있을 것이라 사료된다.
Abstract
This study was conducted to develop new markers at the region that was related to QTL affecting intramuscular fat and backfat thickness on chromosome 6q28-6q32 in pigs. Dozens of repeated sequences were founded using shotgun sequencing of several BAC clones corresponding to that region, of which five new microstellite markers that identified polymorphism were discovered. The mean number of alleles at each locus observed 2.13(KP0290F2), 4.63(KP0248C11), 7.38(KP1231C91), 2.75(KP1231C92) and 6.25(KP1231C93) in 8 breeds(Landrace, Korean native pig, Duroc, Yorkshire, Berkshire, Wuzhishan pig, Xiang pig, Min pig). The average estimated heterozygosity values at each locus varied from 0.2100(KP0290F2) to 0.8304(KP1231C91) in all populations. In other hand, the average allele of all loci was within range of 0.4517(Berkshire) and 0.6957 (Yorkshire). Of these markers, KP0248C11, KP1231C91 and KP1231C93 were identified to have optimal number of alleles, high heterozygosity values and low standard deviation values. Especially, KP1231C91 and KP1231C93 might be considered as a useful marker for genetic mapping and diversity study.
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