국내 개(Canis lupus familiaris)의 STR 마커자료 구축을 위한 다형성 분석
Polymorphism Analysis for STR Marker Data Construction of Domestic Dogs (Canis lupus familiaris)
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초록
대한민국에서 반려동물을 보유하는 국민은 점차 증가하고 있다. 그 중에서도 개는 오랜 기간 인간과 밀접한 관계를 맺는 종 중 하나이다. 이에 따라 개와 관련된 범죄가 증가하고 있는 추세이다. 본 연구에서는 국내 개(Canis lupus familiaris)의 개체식별에 보다 더 높은 과학적 신뢰도 향상을 위해 감정기법 체계화 및 데이터베이스 구축의 필요성에 부합하여, Canine genotypes panel 2.1 kit(Thermo Fisher Scientific, USA)의 18개 STR(Short tandem repeat) 마커의 다형성 분석을 수행하였다. 다섯 품종(푸들, 시츄, 말티즈, 요크셔 테리어 및 코커 스파니엘)을 비롯한 잡종견 총 300마리를 분석에 이용되었다. 분석 결과, 각각의 STR 마커에 대한 관측 이형 접합도 (Hobs)는 0.670 (0.353-0.883), 기대 이형접합도 (Hexp)는 0.774 (0.453-0.959), 그리고 다형성 정보 지수는 0.743 (0.391-0.956)으로 각각 나타났다. 부권부정율 (NE-PP)은 1.88E-15, 동일 개체 출현율 (NE-I)은 9.42E-24로 나타났다. 주성분분석을 하였을 때 18개 STR 마커는 5 품종의 개들 중 4 개의 그룹으로 분류하였다. 이 연구로 18개 마커는 개체식별을 위한 감정기법 및 데이터베이스 구축에 충분히 사용이 적합하다고 판단된다.
Abstract
In Korea, the number of pet-bearing people is increasing. Among them, dogs are one of the species that have been closely related to humans. Accordingly, the number of dogs related to crime is also increasing. In this study, polymorphism analysis of 18 STR markers in Canine genotypes panel 2.1 kit(Thermo Fisher Scientific, USA) was performed according to the necessity of systemizing Canis lupus familiaris analytical techniques and constructing a database to improve scientific reliability. A total of 300 were analyzed, including five breeds (Poodle, Sichu, Maltese, Yorkshire Terrier and Cocker Spaniel) and hybrid dogs. Overall, 0.670 (0.353-0.883) Observed heterozygosity (Hobs), 0.774 (0.453-0.959) expected heterozygosity (Hexp) and 0.743 (0.391-0.956) Polymorphism Information Content (PIC) were appeared in each STR. Additionally, 1.88E-15 non-exclusion probability for a candidate parent pair (NE-PP) and 9.42E-24 non-exclusion probability for identity of two unrelated individuals (NE-I) were shown. In accordance with Principal Coordinates Analysis (PCoA), the 18 STR markers were classified into 4 groups of 5 dogs. Therefore, we can foresee this study proves the Canine genotypes panel 2.1 kit is analytical techniques for identifying individuals.
참고문헌 (18)
- E Graham, "Nonhuman DNA, Forensic Science", Medicine, and Pathology, 1, pp.159~161 (2005)
- J Halverson, "PCR multiplex and database for forensic DNA identification of dogs", J. Forensic Sci.,, 50, pp.352~363 (2005)
- ES Ontiveros, "Genetic heterogeneity and diversity of North American golden retrievers using a low density STR marker panel", PLoS ONE, 14(2), pp.e0212171~ (2005)
- C Eichmann, "Estimating the probability of identity in a random dog population using 15 highly polymorphic canine STR markers", J. Forensic Sci Int, 151, pp.37~44 (2005)
- S Kanthaswamy, "Canine population data generated from a multiplex STR kit for use in forensic casework", J. Forensic Sci, 54, pp.829~840 (2009)
- P Zenke, "Population genetic study in Hungarian canine populations using forensically informative STR loci", J. Forensic Sci Int Genet, 5, pp.e31~e36 (2011)
- R Ogden, "Genetic data from 15 STR loci for forensic individual identification and parentage analyses in UK domestic dogs (Canis lupus familiaris)", J. Forensic Sci Int Genet, 6, pp.e63~e65 (2012)
- Seo Hyun Moon, "Population genetic study of 10 short tandem repeat loci from 600 domestic dogs in Korea", Journal of Veterinary Science, 17(3), pp.391~398 (2016), 대한수의학회[DOI]
- M Dayton, "Developmental Validation of Short Tandem Repeat Reagent Kit for Forensic DNA Profiling of Canine Biological Materials", Croat Med J, 50(3), pp.268~285 (2009)
- K Lazaruk, "Genotyping of forensic short tandem repeat (STR) systems based on sizing precision in a capillary electrophoresis instrument", Electrophoresis, 19, pp.86~93 (1998)
- ST Kalinowski, "Revising how the computer program CERVUS accommodates genotyping error increases success in paternity assignment", Molecular Ecology, 16, pp.1099~1106 (2007)
- R Peakall, "GENALEX 6: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research", Mol Ecol, 6, pp.288~295 (2006)
- D Botstein, "Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms", Am. J. Hum. Genet, 32, pp.314~331 (1980)
- S. DeNise, "Power of exclusion for parentage verification and probability of match for identity in American kennel club breeds using 17 canine microsatellite markers", ISAG, 35, pp.14~17 (2004)
- G Evanno, "Detecting the number of clusters of individuals using the software STRUCTURE: a simulation study", Mol Ecol, 14, pp.2611~2620 (2005)
- 년 반려동물에 대한 인식 및 양육 현황 조사 보고서, "문화체육관광부", 정부24, ~ (2018)
- 소방청, "하루 6명꼴 개 물림사고로 119 구급대 출동", 정부24. 보도자료., ~ (2019)
- Thermo Scientific, "Canine Genotypes Panel 2.1 User Guide", ~ (2016)