염소의 개체식별에 활용 가능한 초위성체 마커 세트 확립
Establishment of a microsatellite marker set for individual identification in goat
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본 연구의 목적은 염소의 개체식별에 있어서 효율적인 microsatellite (MS) marker set를 확립하는데있다. 염소 10집단 455두를 대상으로 국제식량농업기구(FAO) 권고 및 미국 국립생물정보센터(NCBI)에서수집한 30개 MS 마커에 대한 유전정보량을 확인한 후 대립유전자형 크기, 형광표지 종류, PCR 조건 등을 고려하여 7개의 MS 마커(SRCRSP1, SRCRSP8, OarFCB048, OarFCB193, BOBT24, INRA063,DRBP1)를 선정하였다. 또한 분석 효율성을 극대화하기 위해 7개 마커에 대해서 multiplex PCR 기법을적용하였다. 분석된 7개 MS 좌위에서 총 80개의 대립유전자형이 관찰되었고, 기대이형접합도(HExp) 및다형정보지수(PIC)의 평균치는 0.710 및 0.674로 산출되었다. 7개 좌위의 다형성을 기반으로 무작위 교배집단, 반형매 교배집단 그리고 전형매 교배집단으로 가정하였을 때의 동일개체 출현확률은 각각2.42×10-11, 1.70×10-8 및 2.22×10-4으로 산출되었다. 이상의 결과는 국내에서 사육되고 있는 염소의개체수를 고려할 경우 동일개체 출현 가능성이 없는 것으로 판단된다. 따라서 본 연구에 의해서 구축된염소 개체식별 마커 세트 및 분석방법은 우리나라 염소의 개량 및 안전유통에 유용하게 활용될 수 있을것으로 사료된다.
Abstract
The purpose of this study is to establish a set of microsatellite (MS) markers for theindividual identification and parentage verification of goat. 17 and 13 MS markers were selectedfrom FAO (Food and Agriculture Organization) and NCBI (National Center for BiotechnologyInformation), respectively. Genotyping of 30 MS markers was investigated with 455 animals,from 10 goat breeds or populations. Seven markers (SRCRSP1, SRCRSP8, OarFCB048,OarFCB193, BOBT24, INRA063, and DRBP1) were selected, based on heterozygosity value,and PCR product size. Moreover, multiplex PCR was applied, for genotyping these sevenselected markers. Mean values of expected heterozygosity (HExp) and polymorphic informationcontent (PIC) were calculated as 0.710 and 0.674, respectively. The expected probability ofidentity among genotypes of random individuals (PI), probability of identity among genotypesfrom random half sibs (PI half-sibs), and probability of identity among genotypes from random sibs (PI sibs), were estimated as 2.42×10-11, 1.70×10-8and 2.22×10-4, respectively. These resultsindicate that the established MS marker set is useful for effective improvement and stabledistribution of the goat in Korea.
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