기린초속 한국 자생종 속리기린초(Phedimus zokuriensis (Nakai) 't Hart)와 태백기린초(Phedimus latiovalifolium (Y. N. Lee) D. C. Son & H. J. Kim)의 엽록체 유전체 분석
Chloroplast Genome Analysis of Two Korean Native Species of Phedimus, Phedimus zokuriensis (Nakai) 't Hart and Phedimus latiovalifolium (Y. N. Lee) D. C. Son & H. J. Kim
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초록
본 연구에서는 한국 자생종인 속리기린초(P. zokuriensis) 와 태백기린초(P. latiovalifolium)의 완전한 엽록체 유전체를Illumina 시퀀싱 기술을 이용하여 해독하였다. 분석 결과, 두종은 유사한 유전체 크기와 구조를 보였으며 각각 88개의 단백질 코딩 유전자, rRNA 및 tRNA 유전자를 포함하였다. 그러나일부 tRNA 유전자의 차이가 확인되어 종 구분을 위한 잠재적분자 표지로 활용될 수 있음을 시사하였다. 계통학적 분석에서는 두 종이 모두 Phedimus 속에 속하면서 Sedum 속과 뚜렷이분리되어 독립된 진화 계통임이 확인되었다. 또한 비교 분석을통해 총 57개의 InDel과 168개의 SNP 변이지역이 확인되어 향후 종 동정, 집단유전학 및 보전 연구를 위한 기초 자료로 활용가능성이 제시되었다. 본 연구는 한국 자생 기린초속 식물의 분류학적 위치와 유전적 다양성 이해를 심화시키고, 이들의 보전및 경제적 활용을 위한 중요한 자원을 제공한다.
Abstract
Phedimus zokuriensis (Nakai) 't Hart and Phedimus latiovalifolium (Y. N. Lee) D. C. Son & H. J. Kim are native Korean plant species traditionally used for ornamental and medicinal purposes. This study reports the complete chloroplast genome sequences of both species using Illumina sequencing technology. The chloroplast genome of P. zokuriensis is 151,728 bp in length, comprising a large single-copy (LSC) region of 83,067 bp, a small single-copy (SSC) region of 16,697 bp, and two inverted repeat (IR) regions of 25,982 bp, containing a total of 132 genes. The chloroplast genome of P. latiovalifolium is 151,796 bp, with an LSC region of 83,133 bp, an SSC region of 16,699 bp, and two IRs of 25,982 bp, containing 133 genes. Phylogenetic analysis involving 20 related species confirmed both species as members of the genus Phedimus and revealed that they form distinct evolutionary lineages separate from Sedum. Comparative analysis identified highly variable regions in the chloroplast genomes that may be valuable for species identification and population genetics. These genomic resources provide essential baseline data for future research on genetic diversity, evolutionary relationships, conservation strategies, and the potential economic utilization of Phedimus species.