DHPLC의 화학적 특성을 이용한 질병 유전자의 분석 시스템 개발
The Development of Analysis System for Genes Related Disease Using Chemical Properties of DHPLC
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초록
종양억제유전자(tumor-suppressor gene)는 유방암종과 관련하여 높은 돌연변이 비율로 나타나고 있는 것으로 보고되어지고 있다. p53 유전자는 20kb의 크기를 갖는 유전자로써 인간 염색체의 17p13.1에 위치하고 있다. 본 실험에서는 유방암으로 진단 받고 수술한 환자의 조직 100개와 환자와 전혀 상관없는 정상 조직 103개를 대상으로 DNA를 추출하고 PCR-DHPLC(polymerase chain reaction-denaturing high performance liquid chromatography) 방법으로 단일 염기 다형성을 검출하였다. 또한 컬럼의 충진물질과 DNA의 결합에 의한 분리능을 확인하기 위해 충진물이 다른 컬럼의 단일 염기 다형성을 실험하였다. 그 결과 100개의 유방암 조직 중 exon 5에서 11개(11%)의 C/A, C/G genotype을, exon 8에서 42개(42%) T del genotype을 확인하였다. 103개의 정상 조직에서 exon 5에서 2개(2.9%), exon 8에서 9개(8.7%)의 polymorphism을 확인하였다. 컬럼의 분리능 실험에서는 PS-DVB(poly styrene - divinylbenzene)으로 충진된 컬럼이 C18으로 충진된 컬럼보다 더 좋은 분리능을 보였다.
Abstract
tumor-suppressor gene has emerged that it is related of breast cancer with high sensitivity. p53 gene is located on chromosome 17p13.1 in human with 20kb.In this study we extracted DNA from 100 tissues of breast cancer patients and 103 normals. Then we confirmed single-nucleotide polymorphism(SNP) using PCR-DHPLC(polymerase chain reaction-denaturing high performance liquid chromatogrphy).Also, we studied SNP of samples using several columns to identify relation between packing materials of column and resolution.As a result, we identified 4 C/A, C/G genotypes(4%) in exon 5 and 37 T del genotypes(37%) in exon 8 among 100 breast cancer tissues and 2 in exon 5, 9 in exon 8 among 103 normal samples.In resolution test, we confirmed that PS-DVB(poly styrene-divinylbenzen) column is more efficient than C18 column.