계산화학적 방법을 통한 β-D-glucopyranose 구조 연구
Computational Studies of the β-D Glucopyranose Structure
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초록
본 연구에서는 β-D-glucopyranose 분자의 hydroxymethyl group의 두 torsion angle의 변화에 따른 포텐셜 에너지의 변화를 진공 상태와 implicit water 상태에서 연구하였으며 이를 통해 Solvation Energy가 구조에 미치는 영향에 대해서 알아보았다. 계산에 사용한 프로그램은 AMBER package였으며, force field는 GLYCAM_06을 사용하였다. Solvation model은 Hawkins, Cramer, Truhlar 등이 제안한 generalized Born model을 사용하였다. 계산 결과, methyl hydroxyl group 내의 hydroxyl group이고리구조의 hydroxyl group과 강한 수소결합이 가능한
Abstract
In this study, we have investigated potential energy of β-D-glucopyranose in vacuum and implicit water condition. By Comparing two conditions we find that how solvation energy influence β-D-glucopyranose structure. We use AMBER package program and GLYCAM_06 force field. Solvation model was used for the generalized Born model with Hawkins, Cramer, Truhlar has been proposed. We conclude that difference of contour map of two conditions is caused by solvation effect by reducing hydrogen bonding interaction.
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