단백질 모티프 예측 및 갱신 프로토 타입 구현
Implementation of Prototype for a Protein Motif Prediction and Update
2
조회
0
다운로드
0
인용
0
참고문헌
키워드
초록
모티프 데이터베이스는 새롭게 등장하는 원시 단백질 서열의 기능 및 구조 예측에 사용된다. 이러한 모티프 데이터베이스들은 원시 단백질 서열의 빠른 성장과 더불어 급속한 이용 증가 추세를 보이고 있으며, 최근에 이르러 모티프 자원 통합에 관한 연구가 진행되고 있다. 그러나 이러한 모티프 데이터베이스들은 각기 개별적인 메소드로 개발되었기 때문에 각기 다른 형식의 검색 결과를 제공한다. 이러한 문제 해결을 위한 데이터베이스 통합에서는 데이터베이스 자동 갱신 문제, 복잡한 질의 처리 문제, 중복된 데이터베이스 엔트리 핸들링 문제, XML 지원 문제 등을 지니고 있다. 이 논문에서는 기존 문제점들을 해결하기 위하여 데이터베이스 자원 통합 방법론을 제안하였고, 통합된 데이터베이스의 주기적 갱신 방안과 XML로의 변환에 관하여 기술하였다. 아울러 구축된 통합 데이터베이스와 사례 데이터베이스를 비교 평가하였다.
Abstract
Motif databases are used in the function and structure prediction of proteins. The frequency of use about these databases increases continuously because of protein sequence data growth. Recently, many researches about motif resource integration are proceeding. However, existing motif databases were developed independently, thus these databases have a heterogeneous search result problem. Database intnegration for this problem resolution has a periodic update problem, a complex query process problem, a duplicate database entry handling problem and XML support problem. Therefore, in this paper, we suppose a database resource integration method for these problem resolution, describe periodically integrated database update method and XML transformation. Finally, we estimate the implementation of our prototype and a case database.
참고문헌 (27)
- 김성진, "객체-관계형 데이터베이스 시스템을 위한 새로운 성능 평가 방법론", 제7권(7호) (2000)
- 이범주, "모티프 자원 통합을 이용한 단백질 모티프 예측 시스템 구현", 제10-D권(제4호) (2003)
- R. Apweiler, "The InterPro databasean integrated documentation resource for protein families", 29(1), pp.37~40 (2001)
- M. R. Wilkins, "Proteome Research：New Frontiers in Functional Genomics", p, pp.p.109-~175 (1997), Springer-Verlag Berlin Heidelberg
- Minoru Kanehisa, "Post-Genome Informatics", pp.35~47 (2000), Oxford university press
- David W. Mount, "Bioinformatics:Sequence and Genome Analysis", pp.45~48 (2001), Cold Spring Harbor Laboratory Press
- Kevin A. T. Silverstein, "PANAL：an integrated resource for Protein sequence ANALysis", 16, pp.1157~1158 (2000)
- T. K. Attwood, "The PRINTS protein fingerprint database in its fifth year", 26(1), pp.304~308 (1998)
- Alex Bateman, "The Pfam Protein Families Database＂", 30(1), pp.276~280 (2002)
- Jorja G, "New features of the Block Database servers", 27(1), pp.226~228 (1999)
- T. K. Attwood, "The PRINTS Database of Protein Fingerprints：A Novel Information Resource for Computational Molecular Biology", 37, pp.417~424 (1997)
- Laurent Falquet, "The PROSITE database, its status in 2002＂", 30, pp.235~238 (2002)
- Helen M. Berman, "The Proten Data Bank", 18, pp.235~242 (2000)
- Etzold T, "SRS：information retrieval system for molecular biology data banks", pp.114~128 (1996)
- Ramez Elmasri, "Fundamentals of Database Systems" (2000), Addison-Wesleyreading
- Philip Scordis, "FingerPRINTScan：intellegent searching of the PRINTS motif database", 15(10), pp.799~806 (1999)
- T. K. Attwood, "PRINTS and PRINTS-S shed light on protein ancestry", 30(1), pp.239~241 (2002)
- Philipp Bucher, "A Flexible Motif Search Technique Based on Generalized Profiles", 20, pp.3~24 (1996)
- Doug Brutlag, "Protein Structure & MotifsMolecular Biology" (2000)
- Cynthia Gibas,Per Jambeck, "Developing Bioinformatics Computer SkillsO’REILLY", pp.290~295 (2001)
- Attwood, "The Babel of Bioinformatics", 290, pp.471~473 (2000)
- Florence Corpet, "ProDom and ProDom-CG：tools for protein domain analysis and whole genome comparisons", 28, pp.1267~269 (2000)
- Barbara Eckman, "Heterogeneous Data and Algorithm Integration in Bioinformatics" (2002)
- Steve Muench, "Building Oracle XML Applications", inc., pp.8~22 (2000), O’Reilly & Associates Inc.,
- Steven Holzner, "Inside XMLNew Riders", pp.33~42 (2000)
- Bill Brogden, "JAVA Developer’s Guide to E-Commerce with XML and JSP" (2001), SYBEX Inc.
- 최명종, "자바 개발자를 위한 XML" (2003), 홍릉과학출판사