Jprotein : Java3D 기법을 이용한 단백질 구조 뷰어
Jprotein : A Protein Structure Viewer based on Java3D Technology
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초록
공공 데이터베이스의 이용 가능한 단백질 데이터의 양적 증가와 함께 포스트지놈 시대가 도래되면서, 단백질의 3차 구조에 대한 연구가 활발하게 진행되고 있다. 단백질의 구조를 효과적으로 파악하기 위해서 단백질의 3차 구조를 시각화할 필요가 있다. 최근 많은 시각화 도구들이 이미 그 구조가 알려진 단백질을 시각화하기 위해 Java 기술을 이용하여 개발되었다. 본 논문에서는 새로운 단백질 시각화 도구인 JProtein 시스템에 대하여 기술한다. JProtein 시스템은 사용하기 쉽고 플랫폼에 중립적인 시각화 도구로서 작성되었다. JProtein 시스템은 Java3D 기법을 이용하여 개발되었다. Java3D는 3D 표현을 위한 프로그래밍 인터페이스를 제공하는 API이다. JProtein 시스템은 시각화된 아미노산 내의 원자들간의 각도 및 거리 정보를 제공하며, 단백질 분자구조에 대해 여러 가지 3차원 표현 모델을 지원한다. 특히, JProtein 시스템은 비동기식 스테레오 뷰와 함께 동기식 스테레오 뷰를 지원한다.
Abstract
Entering the post-genome era with an increasing amount of protein data available in public databases, the study of tertiary structure of proteins has been actively in progress. To analyze the structure of a protein effectively, it is necessary to visualize the tertiary structure of a protein. Recently, many visualization tools based on Java technology have been developed to visualize a protein whose structure has been known. In this paper, we describe a new protein visualization system, named JProtein. It is designed to be an easy-to-use, platform neutral molecular visualization tool. The JProtein system is developed using Java3D technology. Java3D is an API providing a programming interface for 3D representations. The system informs us the angle and the distance of the interacting atoms in amino acids which are visualized, providing several 3D representation models of a protein molecule. In particular, the JProtein system presents synchronous stereo view as well as asynchronous one.
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