아가로스 겔 전기영동에서 간단하고 실용적인 DNA 염색 방법
A Convenient and Practical Method for DNA Staining in Agarose Gel Electrophoresis
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초록
핵산 염색시약은 아가로스 겔 전기영동에서 DNA 밴드를 관찰하기 위해 필요하다. 전통적인 염색법은 겔 전기영동이 끝난 후 염색하는 post-staining 방법이지만, 편리한 대안으로 겔에 염색시약을 첨가하는 pre-cast 염색법이 사용되어 왔다. 또 다른 염색 방법으로 염색시약을 아가로스 겔이 아닌 6X 로딩 버퍼에 첨가하는 pre-load 염색법이 있다. Pre-load 염색법은 가장 간단하고 시간을 절약할 수 있는 방법이지만, 동일한 겔 내에서 DNA 밴드의 이동성이 차이를 보일 가능성이 있다. 본 연구에서는 염색시약이 혼합된 Midori Green Direct, GRGreen DNA loading buffer, ENVISION DNA dye loading buffer 등 상용의 loading buffer를 사용할 때, DNA 이동성에 변화가 나타나는 것을확인하였다. 반면에 250X GelRed®를 함유한 자체제작 6X 로딩 버퍼는 다양한 실험 조건에서도 이동성의 변화를나타내지 않았다. 마찬가지로, Shinystar와 EcodyeTM가 포함된 6X 로딩 버퍼 또한 안정적인 이동성을 보여주었다. 결론적으로, pre-load 염색법은 일상적인 겔 전기영동 작업에서 편리하고 실용적인 염색방법이 될 수 있으며, 250X GelRed®를 함유한 자체제작 6X 로딩 버퍼는 pre-load 염색에 있어 유용한 해결책이 될 수 있다.
Abstract
Nucleic acid staining dyes are necessary for the visualization of DNA bands in agarose gel electrophoresis. The conventional staining method follows a post-staining protocol that follows gel electrophoresis; pre-cast staining is used as a convenient alternative. Pre-load staining is another method in which a staining dye is added to the 6X loading buffer, and not in the agarose gel. Pre-load staining is simple and time-saving; however, it could alter the mobility of DNA bands within the same gel. In this study, the mobility alteration owing to the use of commercial pre-mixed loading buffers, such as Midori Green Direct, GRGreen DNA loading buffer, and ENVISION DNA dye loading buffer, were evaluated. Lab-prepared 6X loading buffer containing 250X GelRed®dye did not alter the mobility under various experimental conditions. Similarly, 6X loading buffer containing Shinystar and EcodyeTMdid not affect mobility. In conclusion, pre-load staining method is a convenient and practical staining method for routine gel electrophoresis; lab-made 6X loading buffer containing 250X GelRed®could be used for pre-load staining.
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